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2008-06-08 (日)

*[プログラミング] Endoさん

バグはすぐ取れた.ただ,速度は相変わらず.30分放置して85000回くらいしか進んでなかったので諦めて止める.

試しにまったく同じソースをgccでコンパイルしてみたら3倍以上の速度になった….それでも3時間はかかりそうな予感.処理が進むと,途中で軽くなる気がするのが唯一の救い.

夕食後に少し続きを.こっそり,某サーバ上でdna2rnaを走らせておいたら,1893000あたりでSegmentation fault を起こして止まってた.coreのタイムスタンプから2時間弱かかったのが分かる.思ったより速かったけど,これじゃ勝負にならないな.

なんか,PDFのSection 6に色々書いてあることにいまさら気づいた.1891886 iterations とも書いてあった.ってことは本来なら終わってるはずなのか.終了処理が怪しかったのかも.rnaは定期的にファイルに書いてたので,たぶんそれらしいのが得られたはず.なんか,DNAも書かれているし,ここから始めろということか.

DNAの書き換えを眺めていると,先頭に現在の処理,末尾にデータを置いているのが分かる.始まってすぐに,後ろのデータを置く場所が確保されていくのが面白い.

endo01.jpg

とりあえず表示してみたら出た.塗りつぶしで微妙にミスってるけど後回し.あと,中途半端な実装で実行したとき,薄っすら文字が出てたけど,あれもヒントか.そもそもRNAに余分なごみが付いてそうなので,そっちから直さないと….

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