USBaspはお勧めです．
AVR-Wikiにmega88でも作れる USBaspのファームウェアが公開されています． ChaNさんところのavrspを基にした書き込みソフトが使いやすい． ソフトウェアから書き込み速度を変更できるようにもなっています．
50x50mmくらいのサイズに？
ブレッドボード上に書き込む回路を作って，シリアルライタで書き込みます． 最初にAVRのクロックを変更しているので，10MHzくらいのセラロックを付けておいてください．
avrsp -pv4 -fl11111110 avrsp -pv4 -fh11111001 avrsp -pv4 usbaspx113_m8.hex
たくさん作る必要がある場合は，一つ目が出来たら残りはUSBasp経由で書き込めます． avrspxを使って書き込むと，オプションで書き込み速度を設定できるので， 最初のヒューズの書き込みのためにジャンパを弄る必用がなくなります．
下のようなバッチファイルを作っておいて，自動でヒューズの設定と書き込みをするといいかもしれません．
@echo off echo Making usbasp...
avrspx -pu -fl11111110 IF ERRORLEVEL 1 GOTO ERROR
avrspx -pu -fh11111001 IF ERRORLEVEL 1 GOTO ERROR
avrspx -pu -d3 usbaspx113_m8.hex IF ERRORLEVEL 1 GOTO ERROR
echo Complete! exit /B 0
:ERROR pause exit /B 1
それにしても，USBのプロトコルを12MHzで動いているMEGA8に詰め込んだのが凄いです． MEGA88は簡単に入手できるので，USBaspを参考に自作USBディバイスを作ってみるのも いいかもしれません．